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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显示信息出多的海洋生物催化活性，主要包括抗肉瘤和抗虫毒用。基本，三萜是按照甲羟戊酸条件聚合的，并从纯天然草木和念珠菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探索设计综述。该探索察觉到三萜类类化合物虫草酸（GA）是可以通过固态的培养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物导出引发的。利用转录组和核苷酸质组学系统进一次生命的进化无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT引发不同野生野生灵芝酸（GA）的体系，并利用多个学系统监测到的差别什么是基因和差别核苷酸，预测出DHT 动物镶嵌 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和系统定义

借助对无柄灵芝粉病菌菌丝体实行转录组测序共达到67230个转录本和14297个单什么是人类什么是基因。在哪些单什么是人类什么是基因中，496个被鉴定费为不同形容方法什么是人类什么是基因（DEGs），这当中213个形容方法上涨，279个形容方法调整（图1A）。GO丰度了解后，DEGs以分成动物具体步骤（BP）、血細胞组分（CC）和原子的功能（MF）3类。在BP品目中，展现了前以下几个子品目：抗生素类被分解转换成产生具体步骤，乙酸盐产生具体步骤和甲酸盐产生具体步骤;而在CC品目中，血細胞外区、突触包覆体、突触架构是前以下几个亚类。相对MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）可溶性、空气氧化替换酶可溶性和酸氨（或酰胺）接连酶可溶性是前以下几个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG环路了解中，前30条丰度度最高的的环路中含27条应属产生，这当中丁烷产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生4g信号环路强势丰度（图1D）。

图1|转录成分析和模块的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄灵芝粉病菌菌丝体实现血清质组学浅析，至少确立了16,457种显著肽、2606种血清质和2588种降钙素原检测血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择标准下，从这2606种血清质中，94种被司法鉴定为区别抒发血清（DEPs），这当中52种上涨，42种下跌（图2A），图2C凸显了区别抒发血清的聚类算法浅析热图。从GO浅析来，BP分类凸显，绝大普遍数DEPs直接参与乙酸盐分泌工作、消炎药定性浅析分泌工作和用药定性浅析分泌工作。CC类DEPs在細胞膜外区、过被化合物酶体和微体中增长率极高，被空气氧化抹除酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的比例怎么算极高（图2B）。与转录组结局相同，KEGG径路浅析凸显，多个DEPs在分泌中动物丰度，这当中3条最动物丰度的经过是光合动物中的碳比较固定、碳分泌和MAPK预警径路（图2D）。于此，能够浅析GO动态sql的CC对DEPs实现亚細胞膜定位手机浅析和批注（图2E），DEPs关键分布不均在細胞膜质（40.66%）、細胞膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs动物制作而成的关键位置上。

图2|核营养物质组的参考值探讨和功能表认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转变和對照组侯选人DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个的差异理解染色体（图3A）。对转录组和核苷酸质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs来进行聚类了解了解，出现mRNA和核苷酸质左右有1几个上浮染色体和几个上涨染色体，DEGs各自翻译专业的DEPs理解横向呈正关联，体系结构Pearson的关联指数公式了解，在转录组和核苷酸质组左右检查测量到对较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测后果屏幕上显示，E组和C组11个大概DEGs的表达出来爱技术水平不同之处强势，在其中9个为调涨DEGs，两个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表达出来爱趋势英文与转录多组分析后果保持一致。

图3|血清质组的化学发光法进行分析和效果认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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