在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探究结杲

1、从光敏培养出来神经元中分离出来DNA化学交联淀粉酶质

因为溶合光热塑蛋清质-DNA挽回物用作LC-MS分折，小说家开拓了了种转化纯化细则，可从DNA中去如果不是热塑蛋清质，仅在直射时使用随时遗传基因组了解聚集DNA热塑蛋清质。用TRIZOL提炼复染质并清掉逮捕获的非热塑蛋清，其次将其完后容解以对其进行RNase转化吸收。使用高周波削切得到蛋清质热塑DNA的提炼物，在硫氰酸胍中煮开转化，并在二阳极氧化硅离心法柱上较大洗涤剂以去如果不是热塑蛋清质必定会完整。使用核酸酶办理从DNA中发挥光热塑蛋清，并对其进行胰蛋清酶转化吸收用作LC-MS分折。该步骤命名规则为蛋清质热塑DNA提炼或XDNAX。

图1.血清质热塑DNA生成或XDNAX步骤流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可会直接碰触DNA的球蛋白质含量图谱

将光化学交联工艺用途于MCF7血内部，发现了了1,805种侯选人淀粉酶，这之中1,191种会出现于3个或大多次反复重复中。60%的DNA间接功能组帶有核酸切合的GO批注，在欠缺核酸切合批注的淀粉酶质中，主要的重大贡献出于核纤层淀粉酶，后者是参与活动染色法质组识和血内部瓦解的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可直观接受 DNA 的氨基酸质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3小结了DNA间接做用组所隐藏的淀粉酶质-DNA表面下列关于一般涉及的核苷酸热塑肽。这涉及伴随（1）球状DNA综合构成域、（2）DNA 综合周期性区（IDR）和（3）伴随与一些淀粉酶质（举例子组淀粉酶综合淀粉酶）、RNA（举例子剪接成分）或相分離区室（举例子核仁淀粉酶）间接做用而诱发的生态达到。

图3 . 可间接触碰 DNA的组成部分域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值受损细胞扰动当天与DNA配合的转录分子

雌生长生长雌性激素感觉α（ESR1）驻留着胞质溶胶中，昨天面临其配体，打断易位到細胞核，在一边它与基因遗传组中的不同区域环境组合以畅快启动不同的转录系统程序。将血清饥饿的MCF7細胞暴漏于高含量雌生长生长雌性激素（10 nM 17β-雌二醇）4五一分钟，与模以加工的照表細胞非常这些食品的DNA双方做用组（图4A）。在这当中，雌生长生长雌性激素畅快后DNA双方做用组中的ESR1增多了30倍（图4B）。总的讲，在1,814个按量的脂肪酸质-DNA双方做用中，约有9%展示出不低于2倍的有效转变 ，并仔细观察到与ESR1具双方做用的脂肪酸如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙补救乳线癌神经元 DNA 完美意义组的一定量对比（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

调查走进刺绣体组的血清质以理解它是怎样被载入并付诸实践活动的，始终是科研课题员工一些经常的寻求。刺绣体组可及性核心以DNA为心中的的视角做调查，显然，到当下直到，刺绣质妇科凝胶中的哪几个血清质与DNA 出现 物理学互为之间之间效应尚不清晰。选用零远距离光化学交联，可出现 DNA互为之间之间效应组中的几乎数血清质，XDNAX技术性将有所作为血清质-DNA互为之间之间效应调查的强的工具。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、装饰组学、新陈代谢组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

决定性文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.